长白山自然保护区不仅植物类型复杂多样，而且种类十分丰富。目前已知有野生植物2277种，分属于73目246科。其中：真菌类植物15目37科 430种；地衣类植物2目22科200种；苔藓类植物14目57科311种；蕨类植物7目19科80种；裸子植物2目3科11种；被子植物33目108科 1325种（长白山自然保护区管理局志，1990）。
根据国务院环委会1984年公布的《国家重点保护植物名录》，在2277种野生植物中，有国家重点保护植物25种。其中：人参为国家一级保护植物；刺人参、岩高兰、对开蕨、山楂海棠、狭叶瓶儿小草为国家二级保护植物；长白松、长白柳、钻天柳、水曲柳、朝鲜崖柏、黄菠萝、胡桃楸、天麻、玫瑰、黄蓍、野大豆、刺五加、草苁蓉、平贝母、松毛翠、天女木兰、牛皮杜鹃、苑叶杜鹃为国家三级保护植物；红松、偃松、崩松、长白松、钻天柳、东北红豆杉、西伯利亚刺柏为吉林省一级保护植物（长白山自然保护区管理局志，1990）。同时，植物区系成分复杂。在这些植物中，不仅有生存衍化几千万年的第三纪孑遗种，如红松、云杉、冷杉、紫杉、水曲柳、黄菠萝、胡桃楸、椴、榆等；又有第三纪末第四纪初随大陆冰川南移而滞留的极地和西伯利亚植物种，如高山笃斯越桔、圆叶柳、倒根蓼、赤杨等；有在冰期帛欧洲东移的植物种，如石松、林奈草；有间冰期随暖温带北移而遗存的植物种，如小花木兰、北五味子、山葡萄、猕猴桃等；有的属于朝鲜和日本等东洋植物种。还有许多为长白山特有的植物种，如挺拔秀丽、婀娜多姿的长白松；被人们誉为爬山冠军、一直分布到白头山最上部的高山罂粟；有柳树世界的“侏儒”长白柳。这些孑遗的“本地种”和南下的、北上的、东进的、特有的众多植物种类、各区系成分交汇在一起，构成了长白山特有的绿色植物世界，使其成为难得的生物遗传基因贮存库
